政府在食品安全體系建設與運行中扮演重要角色，但是，農產品食品安全工作僅僅靠政府是遠遠不夠的。在歐美等發達國家，通過第三方認證機構的認證活動來加強農產品、食品生產和經營企業安全體系的建設已經成為保障食品安全的重要手段，同時也降低了行政成本，有利于分散行政風險。
我國《農產品質量安全法》已經于2006年11月1日實行，為保障農產品質量安全，維護公眾健康，促進農業和農村經濟發展提供了法律保證。《農產品質量安全法》在第8條和第9條中，明確指出國家引導、推廣標準化生產，鼓勵和支持生產優質農產品，推行科學的質量管理辦法。
認證是當前國際通行的農產品和食品質量安全管理手段，其最具有特色且起著重要作用的功能在于：
一是有利于推進標準化的貫徹實施，便于規范農產品種養過程及食品加工、銷售等環節，促使農產品及食品的生產者、經營者及相關管理者樹立標準意識和質量意識。
二是判定農產品、食品是否符合標準，是由處于公正地位的專業化的認證機構作出的。它以不同于農產品種植、養殖方和食品加工方（即第一方）與批發商、經銷商（即第二方）的第三方身份，對獲得認證的產品持續符合標準和技術規范的要求提供證明，并承擔保障認證結果公正和有效的責任。
三是有利于解決當前國際農產品及食品貿易遇到的技術壁壘，通過農產品、食品認證的國際互認，便于我國農產品、食品順利走出國門。
四是開展認證適應了政府職能轉變和機構改革形勢，有利于政府從直接實施產品質量安全檢驗檢測等行政審批性質（直接承擔著質量安全的責任）的工作中解脫出來，減少政府的責任和風險，因而對于深化行政管理體制改革，提高政府效能，從源頭上預防和治理腐敗，也具有重要意義。
目前，我國管理農產品、食品質量安全的方式方法有很多。專家建議，應對我國農產品認證制度進行整合，按照農產品、食品生產供應鏈建立我國農產品和食品質量安全認證的框架。同時，實施現有的無公害農產品、綠色食品、有機食品認證制度，既滿足一般消費者對質量安全的基本要求，又適應不同消費層次比較高的要求。
